个人简介
通过开发新的生物信息分析平台及多组学大数据的整合分析，解析表观遗传学和三维基因组在发育、疾病中的作用机制。以第一/通讯作者（含共同）在Genome Biology、Genome Research、Nucleic acids research、PNAS等期刊发表文章15篇，获得广东省青年提升、国家自然科学基金面上项目等的资助。研究成果被评为 “2021年度中国农业科学十项重大进展”，并被中央电视台《朝闻天下》等多家媒体转载报道。
教育经历
2008-08~2013-06,中国科学院大学,生物信息学,博士 2004-08~2008-07,山东师范大学,生物科学,学士
工作经历
- 2021,华南理工大学医学院
- 2013~2021,中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
研究领域
研究领域为基因组学和表观遗传学。聚焦于基因调控网络的构建和作用机制研究，一方面开发新的实验及计算方法解析精细的三维基因组构象，另一方面阐明三维基因组等表观遗传修饰在发育、疾病中的调控机制，包括胚胎发育、生殖系统疾病、细胞应激等。
科研项目
近5年主持国家自然科学基金面上项目、广东省自然科学基金青年提升项目/面上项目、广州市科技创新项目等，并作为骨干参与国家重点研发计划、中科院先导等项目的申请及研究工作。在研项目包括： 1.国家自然科学基金面上项目，2025-2028，在研，主持。 2.广东省基础与应用基础研究基金青年提升项目，2023-2025，在研，主持； 3.广东省基础与应用基础研究基金面上项目，2025-2027，在研，主持； 4.广州市基础与应用基础研究项目，2025-2026，在研，主持； 5.科技部国家重点研发计划，2023-2028，在研，参与。
论文
- Dai, Yimei;Jiang, Yunyun;Cao, Canran;Xu, Yongtai;Lai, Siting;Zhu, Wenchao;Gao, Meng;Li, Feifei;He, Sicong;Xu, Jin,Scavenger endothelial cells alleviate tissue damage by engulfing toxic molecules derived from hemolysis,Proceedings of the National Academy of Sciences,122
- He, Min;Li, Xiaoli;Xu, Bingxiang;Lu, Yinbo;Lai, Jingyi;Ling, Yiming;Liu, Huakai;An, Ziyang;Zhang, Wenqing;Li, Feifei,Reprogramming of 3D genome structure underlying HSPC development in zebrafish,Stem Cell Research & Therapy,15
- Xu, Bingxiang;Gao, Xiaomeng;Li, Xiaoli;Li, Feifei;Zhang, Zhihua,Crosslinking intensity modulates the reliability and sensitivity of chromatin conformation detection at different structural levels,Communications Biology,7
- Li, Xiaoli;An, Ziyang;Zhang, Wenqing;Li, Feifei,Phase Separation: Direct and Indirect Driving Force for High-Order Chromatin Organization,Genes,14
- Xu, Bingxiang;Gao, Xiaomeng;Li, Xiaoli;Jia, Yan;Li, Feifei;Zhang, Zhihua,Cell cycle arrest explains the observed bulk 3D genomic alterations in response to long-term heat shock in K562 cells,Genome Research,32
- Li, F., Wang, D., Song, R., Cao, C,The asynchronous establishment of chromatin 3D architecture during early development of in vitro fertilized and uniparental preimplantation pig embryos,Genome Biology,21(1):203
- Cong Liu,Evidence of constraint in the 3D genome for trans-splicing in human cells,Sci China Life Sci,63(9):1380-1393
- Junfeng Liu , Ziyang An,Episo: quantitative estimation of RNA 5-methylcytosine at isoform level by high-throughput sequencing of RNA treated with bisulfite,Bioinformatics,36( 7): 2033-2039
- Zhang, H., Li, F.,Characteristic arrangement of nucleosomes is predictive of chromatin interactions at kilobase resolution,Nucleic acids research,Volume 45, Issue 22
获奖、荣誉称号
- 2021年中国农业科学十项重大进展,李飞飞，张治华，王艳芳等,2021
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